Строка, которую вы пытаетесь проанализировать, содержит не только классы, но и аксиомы.Чтобы быть полной онтологией, в ней отсутствует только декларация онтологии.Должна быть возможность проанализировать это прямо в онтологии - которая была бы анонимной - путем ее синтаксического анализа одним из парсеров Turtle в OWLAPI.
Вы пытались разобрать это до OWLOntology
?
String in = "...";
StringDocumentSource input = new StringDocumentSource(in);
OWLOntologyManager m = OWLManager.createOWLOntologyManager();
OWLOntology o = m.loadOntologtFromOntologyDocument(input);
Перечисление аксиом или повторение подписи онтологии должно предоставить вам достаточно структуры для продвижения вперед в вашей работе.
Примечание: эти две строки, кажется, пропускают точку:
p0:safetyGoal_3 a rdfs:Class , p1:SafetyGoalVersion ;
rdfs:subClassOf p1:SafetyGoal ;
Должна быть полная остановка, чтобы разрешить анализ:
p0:safetyGoal_3 a rdfs:Class , p1:SafetyGoalVersion ;
rdfs:subClassOf p1:SafetyGoal .