Я не знаю, почему люди настаивают на больших таблицах с 350K-строками. В мире мэйнфреймов вот такие большие таблицы конфигурации СУБД: -).
Тем не менее, вы должны разрабатывать свои таблицы в третьей нормальной форме. Если и только если у вас есть проблемы с производительностью, вы должны рассмотреть вопрос о нормализации.
Если у вас есть столбец, который будет применяться только к определенным строкам, он (вероятно) не будет 3NF, чтобы поместить его в ту же таблицу. У вас должна быть отдельная таблица с внешним ключом в вашей «основной» таблице.
Имейте в виду, что если логическое поле не применяется к некоторым строкам. Это другая ситуация с полем, применяемым ко всем строкам, но для некоторых оно неизвестно. В этом случае столбец с нулем в первичной таблице будет лучше. Но это не похоже на то, что вы описываете.