Проблема с Visual Studio заключается в том, что папки и фильтры не связаны.
Вы говорите, что они находятся в разных папках (физически, на вашем диске), но находятся ли они в разных фильтрах в вашем решении?
Я не помню, чтобы у меня были проблемы подобного рода, но я уверен, что меня пинали не раз, потому что я не поместил файл в решение ...