AHA, нашел следующее в википедии:
До 2007 года расширение имени файла .ogg использовалось для всех файлов, содержимое которых использовало формат контейнера Ogg.С 2007 года Фонд Xiph.Org рекомендует использовать .ogg только для аудиофайлов Ogg Vorbis.Фонд Xiph.Org решил создать новый набор расширений файлов и типов мультимедиа для описания различных типов контента, таких как .oga для аудиофайлов, .ogv для видео со звуком или без звука (включая Theora)и .ogx для мультиплексированного Ogg. [4]
Таким образом, любое видео ogg должно иметь расширение .ogv, а не старое расширение .ogg для преобразования в FFMpeg.
Это работает!:)