Экспортный MSI использует копии библиотек DLL, хранящихся в базе данных BizTalk, а не GAC.Если кто-то следовал плохим практикам и либо GACed DLL без импорта, либо импортировал ее с GACing, тогда они будут разными, что может вызвать самые разные странные проблемы.
Это также вызывает проблемы, если вы пытаетесь выполнить откат с использованием экспортированного MSI, поскольку он затем использует DLL из MSI для импорта в базы данных BizTalk и GAC, а также, если версия GAC была другойто вы не вернетесь к своему первоначальному состоянию.