Документы для Java6 на javaws показывают, что вы можете использовать исполняемый файл для запуска приложения или для выполнения операций обслуживания, они вызывают параметры управления.
Два из этих вариантов:
javaws -uninstall <jnlp>
javaws -import [import-options] <jnlp>
одна из вещей, которые вы можете сделать, это
javaws -import -silent -shortcut <jnlp>
Так что, если вы можете запустить скрипт, который сначала удаляет ваше конкретное приложение jnlp, а затем автоматически импортирует его и его ярлыки, то это решит вашу проблему. Я не думаю, что Java автоматически сделает это за вас.
Обратите внимание, что в документации сказано, что это должна быть автоматическая установка, чтобы опция быстрого доступа работала. Кроме того, я дважды не проверял, что это на самом деле работает сам.