Сопоставление в 60 файлах: «R1» и «R2» с файлом repeatfile.fas

Question

У меня есть группа из 60 файлов, таких как:

Pk_sd_ s1_R1_001.gz
Pk_sd_ s1_R2_001.gz
Pk_sd_ s2_R1_001.gz
Pk_sd_ s2_R2_001.gz
Pk_sd_ s3_R1_001.gz
Pk_sd_ s3_R2_001.gz
………._s60_R-_001.gz

Более того, у меня есть следующий скрипт для сопоставления R1 и R2 с использованием файла с именем repeatfile.fas:

bwa mem -t 8  repeatfile.fas Pk_sd_ s1_R1_001.gz  Pk_sd_ s1_R2_001.gz | samtools view -Su | samtools sort -o mapped_to_repeat.bam

Кто-нибудь знает, как использовать этот скрипт один раз для всех 60 файлов в цикле, используя bash?

Answer 1

for i in {1..60}; do
    bwa mem -t 8  repeatfile.fas Pk_sd_ "s${i}_R1_001.gz"  Pk_sd_ "s${i}_R2_001.gz" | samtools view -Su | samtools sort -o mapped_to_repeat.bam
done