Нет лучшего способа. В зависимости от того, что вы хотите сделать с ответами, вы также можете обрабатывать их с помощью фильтров сообщений Thunderbirds;).
Поместите уникальный идентификатор в тему или текст отправляемого уведомления, чтобы вы могли правильно идентифицировать и классифицировать электронную почту, когда пользователь отвечает по электронной почте.
Если вы хотите придерживаться php: выберите клиентский класс php pop3 из: http://www.phpclasses.org/browse/package/2.html или найдите клиента в другом месте, а затем просто проанализируйте ответы на сообщения и классифицируйте / обработайте их, как вы хотите. *