Учетная запись IUSR для каждого сервера, ApplicationPoolIdentity для каждого пула приложений.
Предоставляя учетной записи IUSR доступ к вашей базе данных, вы предоставляете доступ ко всем веб-сайтам с этого сервера, работающим под этой учетной записью.При использовании ApplicationPoolIdentity вы предоставляете доступ для каждого пула приложений / веб-сайта.
Таким образом, разница только в степени детализации безопасности.