Если вы используете Java / .NET / PHP или какой-либо другой сервер, вы должны использовать PDF / Word Generation API для потоковой передачи файла в требуемом формате.
Например: вы можете использовать Apache POI или APache FOP apis для рендеринга файлов MSword или PDF, а с помощью Flex пользователи могут загружать файлы.
http://poi.apache.org/
xmlgraphics.apache.org/fop/