Я обнаружил, что установка владельцев окон на главное окно приложения позволяет им всегда плавать сверху.
Внутри элемента управления, который опосредует содержание и измерение дочернего окна:
InnerWindow.Owner = Window.GetWindow(this);
this
являющийся windowHostControl, размещающим это окно.