Можно установить colspan для столбца и пропустить некоторые другие столбцы.На основе вашего кода (добавлен второй ряд):
var table = document.getElementById("eTable");
var rowIndex = document.getElementById("ID").rowIndex;
var row = table.insertRow(rowIndex + 1);
var cell = row.insertCell(0);
var cell1 = row.insertCell(1);
var cell2 = row.insertCell(2);
var cell3 = row.insertCell(3);
var cell4 = row.insertCell(4);
row = table.insertRow(rowIndex);
cell = row.insertCell(0);
cell1 = row.insertCell(1);
cell1.colSpan = "3";
cell2 = row.insertCell(2);
table { border: 1px solid #000; width: 100%; }
table tr { }
table td { border: 1px solid red; height: 20px;}
<input type="hidden" id="ID" value=0 />
<table id="eTable">
</table>
Запустите фрагмент или, если хотите, посмотрите это скрипка