Возможно, вы сможете запустить программное обеспечение в сеансе, в котором работает GDM.Тем не менее, я бы предложил рассмотреть некоторые альтернативы.
Как насчет запуска сеанса VNC (Fedora включает tigervnc) и запуска приложения внутри него?Вы можете создать для этого некоторую фиктивную учетную запись пользователя, и это будет происходить автоматически через системный модуль или, возможно, через запись @reboot crontab.