, поэтому я думал использовать jquery и отправить файл удаленной команде, но я понятия не имею, как отправить сам файл
Не ходите туда.Это плохая попытка обойти неудачный выбор дизайна.Скорее всего, вы столкнетесь с подобными проблемами, а как насчет того, чтобы пользователь выбрал много файлов во второй раз, если он потерпит неудачу на полпути?Это может стать медленным, может столкнуться с ограничениями браузера (поиск для загрузки нескольких файлов в обычном HTML) ...
Если вы все еще хотите сделать это через веб-браузер (который в соответствии с одним из ваших других вопросов вы делаетене хочу), может быть, попробовать что-то вроде https://webdeltasync.github.io/ (отказ от ответственности: я сам не использовал, и могут быть подобные (https://www.google.com/search?q=browser+based+rsync), это просто подсказка, в каком направлении найти реальныйраствор)