Как получить номер кластера на участке SOM, в каждом узле? - PullRequest
Новая
       44

Как получить номер кластера на участке SOM, в каждом узле?

0 голосов
/ 31 января 2019

Я хочу понять, к какому узлу подключено мое вино после получения сома.

Поэтому сначала нам нужно получить data.frame с именем вина и номером кластера, к которому относится вино.,И следующим шагом будет увидеть номер кластера на этом участке.Но вот как :): 

data(wines)
View(wines)    
#adding id for each wine

wines<-as.data.frame(wines)
wines$ID <- seq.int(nrow(wines))

#substract the id to know the "name" of wine

som_wines<-wines[,-14]
som_model<-som(scale(som_wines), grid = somgrid(5, 5, "hexagonal"))
som_codes<-as.data.frame(som_model$codes)

#ilustrating needed quantity of clusters

mydata <- as.data.frame(som_model$codes)
wss <- (nrow(mydata)-1)*sum(apply(mydata,2,var)) 
for (i in 2:15) {
  wss[i] <- sum(kmeans(mydata, centers=i)$withinss)
}
plot(wss)

#som plot

som_cluster <- cutree(hclust(dist(som_codes)), 3)
plot(som_model, type="codes",bgcol= som_cluster, main = "Clusters") 
add.cluster.boundaries(som_model, som_cluster)   ` 

#Here we got 3 clusters. Creating the dataframe which defines wines id's to cluster groups.

cluster_details <- data.frame(id=wines$ID, cluster=som_cluster[som_model$unit.classif])

А теперь я хочу, чтобы на кластере сомов было показано число кластеров.Есть ли предложения, как с этим справиться?Буду признателен за любой ответ:)

Ответы [ 2 ]

0 голосов
/ 19 февраля 2019

Вы можете проверить, к какому узлу относится каждое наблюдение, вызвав переменную модели, а именно unit.classif.Основываясь на ваших сценариях, вы назначаете модель для som_model.Поэтому вы можете вызвать 

som_model$unit.classif

. Вектор упорядочен в соответствии с порядком строк ваших данных, т.е. ваши первые входные данные принадлежат узлу, обозначенному значением вектора 1st unit.classif, и так далее.Вы можете проверить, позвонив 

length(som_model$unit.classif)
nrow(som_wines)

Они имеют одинаковую длину.Библиотека упорядочивает узлы в матрице, чье количество измерений (узлов х функций).Если вы определили, что ваша модель имеет 5x5 узлов, а ваши данные имеют 13 функций, то узел вашей модели будет обозначаться как матрица 25x13.Вы можете проверить, позвонив по номеру 

dim(som_model$codes[[1]])

. На карте узлы расположены сверху вниз слева направо вверх.Первый узел находится слева внизу, а 25-й узел находится в правом верхнем углу карты кодов.Поэтому, если вы хотите узнать положение узла, которому принадлежат определенные данные, вы можете расширить свой сценарий до следующего вида: 

from.bottom <- ceiling(som_model$unit.classif / som_model$grid$xdim)
from.left <- som_model$unit.classif %% som_model$grid$xdim
from.left[from.left == 0] <-  som_model$grid$xdim

cluster_details <- cbind(
  cluster_details, som.unit = som_model$unit.classif,
  from.bottom = from.bottom, from.left = from.left
)

(cluster_details)
0 голосов
/ 31 января 2019

ответ находится здесь: добавить кластеры и узлы из пакета SOMbrero к обучающим данным

Особенно в этих строках: 

SomModel <- som(
    data = TrainingMatrix,
    grid = GridDefinition,
    rlen = 10000,
    alpha = c(0.05, 0.01),
    keep.data = TRUE
)

nb <- table(SomModel$unit.classif)
groups = 5
tree.hc = cutree(hclust(d=dist(SomModel$codes[[1]]),method="ward.D2",members=nb),groups)


result <- OrginalData
result$Cluster <- tree.hc[SomModel$unit.classif]
result$X <- SomModel$grid$pts[SomModel$unit.classif,"x"]
result$Y <- SomModel$grid$pts[SomModel$unit.classif,"y"]
...