Не могу установить pysam с pip в Python 3.6

Question

Macbook Mac OSX 10.12.6 Python 3.6.2 cython 0.28.5 pip 18.0

Я пытаюсь установить pysam:

pip3 install pysam

Он продолжает выдавать ошибку при:

creating build/temp.macosx-10.6-intel-3.6/htslib/cram
htslib/cram/cram_io.c:63:10: fatal error: 'os/lzma_stub.h' file not found
#include "os/lzma_stub.h"
         ^~~~~~~~~~~~~~~~
1 error generated.
error: command '/usr/bin/clang' failed with exit status 1

Похоже, эта проблема , эта и эта были проблемами с версией.Но я пробовал pip3 install pysam==0.13 и 0.14 и 0.15 с теми же результатами.

Предложения?

Я действительно не хочу иметь дело с установкой conda ...

Answer 1

Очевидно, что вам не хватает lzma, который теперь является частью библиотеки xz (https://tukaani.org/xz/). Установите это и посмотрите, работает ли он. В OSX вы можете установить его, используя homebrew: brew install xz.

Другой вариант - установить htslib (http://www.htslib.org/download/), или samtools (можно найти в htslib url).

Answer 2

Моя ошибка!pip3 install pysam==0.13 на самом деле работает.Просто оставлю это здесь для потомков.