rpy2 LD_LIBRARY_PATH конфликт - PullRequest
Новая
       14

rpy2 LD_LIBRARY_PATH конфликт

0 голосов
/ 31 января 2019

Я столкнулся с проблемой конфликта двух библиотек в linux ubunto.Я использую драйвер Netezza ODBC, и мне нужно установить переменную окружения LD_LIBRARY_PATH, как указано ниже export LD_LIBRARY_PATH='/home/m/nz/lib64' , и эта библиотека работает.тогда Когда я захочу использовать библиотеку rpy2, если я установлю эту переменную, я столкнусь с этой ошибкой 

  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
Traceback (most recent call last):
  File "/home/m/PycharmProjects/sandbox/pyodbcsample.py", line 22, in <module>
    DGGRID_PACKAGE= importr("dggridR")
  File "/home/m/.local/lib/python3.6/site-packages/rpy2/robjects/packages.py", line 453, in importr
    env = _get_namespace(rname)
rpy2.rinterface.RRuntimeError: Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 
  unable to load shared object '/home/m/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/rgdal/libs/rgdal.so':
  /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgssapi_krb5.so.2: symbol k5_buf_free version krb5support_0_MIT not defined in file libkrb5support.so.0 with link time reference

Когда я не установлю эту переменную окружения, rpy2 загружается без проблем, но с другой сторонычто odbc драйвер перестает работать.

Очевидно, что проблема в этой системной среде, я пытался добавить эту строку как системную среду, но все равно она не работает {$LD_LIBRARY_PATH}:$HOME/lib:/home/m/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5:/lib:/usr/lib/R/library/stats/libs/:/home/m/nzClient/linux64/driver/lib64:/usr/lib/x86_64-linux-gnu/:/lib64/:/lib/x86_64-linux-gnu/

Я также пытался добавить эти пути к библиотекев этот файл sudo gedit /etc/ld.so.conf.d/randomLibs.conf, чтобы избежать установки ld_library_path, но опять-таки не работает.

Какие варианты у меня есть, чтобы исправить этот конфликт.

...