Странно, в документации много говорится о пустых значениях, когда источником является хранилище озера данных или хранилище больших двоичных объектов, но ничего не сказано, когда источником является другая база данных.Изучение документации polybase показывает, что база данных SQL Azure не поддерживается: https://docs.microsoft.com/en-us/sql/relational-databases/polybase/polybase-guide?view=sql-server-2017
Я бы попробовал отключить polybase, чтобы посмотреть, решит ли это проблему.В этом случае производительность снизится, но этого может быть достаточно для удовлетворения ваших потребностей.
Еще один способ работы с polybase - это создание хранимой процедуры в хранилище данных Sql, которая использует polybase для запроса другой базы данных и вызоваэто с фабрикой данных, таким образом, вы будете иметь больше контроля над тем, что делает polybase.
Надеюсь, это помогло!:)