В CentOs Linux 7, чтобы уменьшить размер значков на рабочем столе, щелкните правой кнопкой мыши значок и выберите Resize icon
в раскрывающемся меню.
Для значков папок используйте решение, предложенное @selenium (хотя это больше не влияет на значки на рабочем столе)