Проблема в цикле for.Переменная countFiles - это число, а не итерация.Вы, вероятно, хотите
for (var j in files) {
...
}
Кроме того, я не могу не отметить:
Чтобы получить countFiles, вы можете просто использовать files.length.
Вы также можете использоватьвместо цикла for, который назначит значение j вместо индекса, например:
for(var j of files) {
BotsProcess[i] = spawn('D:\\Downloads\\runBots\\' + j, {shell : true});
}