Проблема в том, что ваши строки сортируются как строки , а не численно.Сначала преобразуйте свой первый индексный уровень в числовой, затем выполните сортировку по индексу:
# split by whitespace, take last split, convert to integers
new_index_values = df.index.levels[1].str.split().str[-1].astype(int)
# set 'Day' level
df.index = df.index.set_levels(new_index_values, level='Day')
# sort by index
df = df.sort_index()
print(df)
Value
Group Day
A 0 1
2 3
11 2
B 5 5
7 6
10 4
Настройка
Приведенная выше демонстрация использует этот пример настройки:
df = pd.DataFrame({'Group': ['A', 'A', 'A', 'B', 'B', 'B'],
'Day': ['Day 0', 'Day 11', 'Day 2', 'Day 10', 'Day 5', 'Day 7'],
'Value': [1, 2, 3, 4, 5, 6]}).set_index(['Group', 'Day'])
print(df)
Value
Group Day
A Day 0 1
Day 11 2
Day 2 3
B Day 10 4
Day 5 5
Day 7 6