Я понял, произошла ошибка в том, как я указывал на значение массива;Я использовал точечную запись в стиле MongoDB, в то время как я должен был использовать [].
Это рабочий код для обновления всех документов коллекции:
db.strutture.find().forEach( function (x) {
var long = Number(x.location[0]);
var lat = Number(x.location[1]);
x.location = [long,lat];
db.strutture.save(x);
});