Я столкнулся с подобной проблемой и нашел решение для нее, однако, это немного взломано, так как я не смог найти способ внести изменения в Меню Затмения. В основном мне нужно было добавить следующий файл .buildpath в корень папки проекта:
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<buildpath>
<buildpathentry kind="src" path=""/>
<buildpathentry kind="con" path="org.eclipse.php.core.LANGUAGE"/>
</buildpath>
Если у вас уже есть файл .buildpath, вы, возможно, просто добавите строку в существующий файл:
<buildpathentry kind="con" path="org.eclipse.php.core.LANGUAGE"/>
Мне кажется, я сталкивался с этой проблемой, когда создавал проект из существующего источника вместо создания нового проекта.
Прошёл месяц с тех пор, как вы задали свой вопрос, так что, надеюсь, это всё ещё полезно.