Насколько я понимаю, вы хотите всплыть в свой корневой viewController, когда пользователь нажимает кнопку выхода, вы должны изменить корневой контроллер приложения, вы можете сделать это следующим образом
let storyBoard : UIStoryboard = UIStoryboard(name: "Main", bundle:nil)
let newViewController = let storyBoard : UIStoryboard = UIStoryboard(name: "Main", bundle:nil)
let rootViewController = storyBoard.instantiateViewController(withIdentifier:"your identifier")
let appdelegate = UIApplication.shared.delegate as! AppDelegate
appdelegate.window!.rootViewController = rootViewController
, потому что navigationController?.popToRootViewController(animated: false)
появится на корневом контроллерев вашем текущем стеке навигации