Скорее всего, ваш конфиг Apache теперь разрешает директивы Auth * в .htaccess в этом каталоге и / или расположении. Вы можете проверить, зачем искать в error_log для этого хоста. Там будет строка, которая выглядит так:
[Wed Dec 02 22:13:14 2009] [alert] [client x.x.x.x] /path/leading/to/.htaccess: AuthName not allowed here
Эта ошибка будет отображаться как ошибка «500 Internal Server» для любого клиента, пытающегося получить доступ к этому конкретному серверу / каталогу.
Вам нужно будет добавить «AllowOverride AuthConfig», чтобы Apache принял директивы Auth в .htaccess. Подробности здесь в документации Apache.