Понял!
Я добавил следующее в файл data.vrt, чтобы ссылаться как на lat.vrt, так и на lon.vrt.Если он не может найти lat.vrt / lon.vrt, добавьте путь:
<Metadata domain="GEOLOCATION">
<MDI key="X_DATASET">lon_1.vrt</MDI>
<MDI key="X_BAND">1</MDI>
<MDI key="Y_DATASET">lat_1.vrt</MDI>
<MDI key="Y_BAND">1</MDI>
<MDI key="PIXEL_OFFSET">0</MDI>
<MDI key="LINE_OFFSET">0</MDI>
<MDI key="PIXEL_STEP">1</MDI>
<MDI key="LINE_STEP">1</MDI>
</Metadata>