я ищу способ запустить файл .jar с помощью компилятора java и без манифеста внутри jar.
Вы не можете запустить приложение Java с компилятором, ноВы можете сделать это в JRE с JVM
Также было бы полезно, если бы в этом процессе компилятор игнорировал старый манифест из jar.
Простоне включайте манифест в вашу сборку
С помощью этого метода я смогу указать собственный Main-Class и собственный путь к классу.
Его уже можно выполнить из CLI,Кроме того, манифест был создан, поэтому вы не должны делать это из CLI.Но в любом случае
java -cp your/custom/class/path/here fully.qualified.name.of.Main
и все готово.Просто не забудьте включить ваш JAR файл в classpath.