После загрузки файла XAML вы получите объект IDocumentPaginatorSource, из которого вы можете получить его DocumentPaginator.
Вы можете обернуть вокруг DocumentPaginator, переопределив его метод GetPage, чтобы добавить верхний или нижний колонтитулы или что-либо еще, например водяные знаки.
Для получения кода перейдите на Конвертируйте XAML Flow Document в XPS с помощью Style