невозможно найти унаследованный метод для функции 'rowData' для подписи '' логический '' - PullRequest
Новая
       5

невозможно найти унаследованный метод для функции 'rowData' для подписи '' логический ''

0 голосов
/ 24 ноября 2018

У меня есть фрагмент кода уценки R, который выглядит следующим образом (это небольшая часть чрезвычайно большого кода). 

  filterLowExpressedGenes <- function(sce, cutoffCell, cutoffTranscript){

            apply(
                counts(sce[ , colData(sce)$use]), 
                1, 
                function(x) length(x[x > cutoffTranscript]) >= cutoffCell)
       }
        ```


    ```{r include=T}
        for (i in seq_along(sce_list))
          {
         print(rowData(sce_list[[i]])$use <- filterLowExpressedGenes(sce_list[[i]], 3, 5))
        }

        ```

{r include=T} for (i in seq_along(sce_list)) { print(table(rowData(sce_list[[i]])$use)) }

Пока все работает нормальнои вывод: 

## [1] "sce_1"
## 
## FALSE  TRUE 
## 31852  1842 
## [1] "sce_2"
## 
## FALSE  TRUE 
## 31009  2685 
## [1] "sce_3"
## 
## FALSE  TRUE 
## 31560  2134 
## [1] "sce_4"
## 
## FALSE  TRUE 
## 31697  1997

Следующий блок, который работает с информацией, обработанной в предыдущих фрагментах, выдает ошибку: 

code: 
    ```{r include=T}
     for (i in seq_along(sce_list))
       {
          sce_list[[i]]$qc = sce_list[[i]][rowData(sce_list[[i]]$use), colData(sce_list[[i]]$use)]
      }

    ```

Ошибка, которую я получаю: 

    Quitting from lines 331-345 (prototype.Rmd) 
Error in (function (classes, fdef, mtable)  : 
  unable to find an inherited method for function 'rowData' for signature '"logical"'
Calls: <Anonymous> ... withVisible -> eval -> eval -> [ -> rowData -> <Anonymous>
Execution halted

Извините, я не могу предоставить вам образцы работоспособных данных.Поскольку это что-то среднее между частью кода, и это означает, что данные уже прошли некоторую обработку.

Я полностью осознаю, что для выяснения решения потребуется некоторая работа по угадыванию или пробный запуск.Но любая помощь / предложение сделать эту работу приветствуется.

Заранее спасибо.

...