Я нашел следующее решение
Все пользователи находятся в папках.И в каждой папке не более 1000 пользователей.Папка является тем же объектом, что и пользователь, но с другим типом объекта.
Сначала.Получить список всех папок с пользователями.Если в какой-либо папке также находится более 1000 папок, то для этой папки необходимо получить список папок до уровня ниже (LdapConnection.SCOPE_ONE).
Второй.Перейдите к каждой найденной папке и соберите в ней всех пользователей.
При таком подходе количество результатов поиска на каждой итерации не будет превышать 1000. Если все еще существует такая ситуация, что в одной папке большечем 1000 пользователей, то у вас есть ПРОБЛЕМЫ.