R: извлечение данных из одного столбца для создания новых столбцов

Question

У меня есть данные с именами образцов, которые необходимо распаковать и создать в новых столбцах.

sample
P10.1
P11.2
S1.1
S3.3

Используя данные идентификатора образца, мне нужно создать три новых столбца: ткань, растение, стадия.

sample tissue plant stage
P10.1  P      10    1
P11.2  P      11    2
S1.1   S      1     1
S3.3   S      3     3

Есть ли способ извлечь данные из столбца выборки для заполнения трех новых столбцов?

Answer 1

Аналогично @phiver, но использует регулярные выражения.

Внутри pattern:

• Первые круглые скобки содержат любую заглавную букву (для tissue)
• Во вторых скобках вводится любое одно или двухзначное число (для plant)
• В третьих скобках фиксируется любое одно или двухзначное число (для stage)

Функция sub() извлекает эти группы захвата и помещает их в новые переменные.

library(magrittr)
pattern <- "^([A-Z])(\\d{1,2})\\.(\\d{1,2})$"
df %>% 
  dplyr::mutate(
    tissue   = sub(pattern, "\\1", sample),
    plant    = as.integer(sub(pattern, "\\2", sample)),
    stage    = as.integer(sub(pattern, "\\3", sample))
  )

Результат (отображается с str()):

'data.frame':   4 obs. of  4 variables:
 $ sample: chr  "P10.1" "P11.2" "S1.1" "S3.3"
 $ tissue: chr  "P" "P" "S" "S"
 $ plant : int  10 11 1 3
 $ stage : int  1 2 1 3

Answer 2

Это похоже на ответ phiver , но дважды используйте separate.Обратите внимание, что мы можем указать индекс позиции в аргументе sep.

library(tidyr)

dat2 <- dat %>%
  separate(sample, into = c("tissue", "number"), sep = 1, remove = FALSE) %>%
  separate(number, into = c("plant", "stage"), sep = "\\.", remove = TRUE, convert = TRUE)
dat2
#   sample tissue plant stage
# 1  P10.1      P    10     1
# 2  P11.2      P    11     2
# 3   S1.1      S     1     1
# 4   S3.3      S     3     3

DATA

dat <- read.table(text = "sample
P10.1
P11.2
S1.1
S3.3",
                  header = TRUE, stringsAsFactors = FALSE)

Answer 3

с использованием dplyr и tidyr.

Сначала мы вставляем "."в примере кода далее мы разделяем образец на 3 столбца.

library(dplyr)
library(tidyr)

df %>% 
  mutate(sample = paste0(substring(df$sample, 1, 1), ".", substring(df$sample, 2))) %>% 
  separate(sample, into = c("tissue", "plant", "stage"), remove = FALSE)

  sample tissue plant stage
1 P.10.1      P    10     1
2 P.11.2      P    11     2
3  S.1.1      S     1     1
4  S.3.3      S     3     3

data:

df <- structure(list(sample = c("P10.1", "P11.2", "S1.1", "S3.3")), 
                .Names = "sample", 
                class = "data.frame", 
                row.names = c(NA, -4L))