Цифровая подпись только от C должна быть достаточной как для A, так и для B, чтобы подтвердить, что их файл не поврежден, не связываясь друг с другом. Если A и B не получили подпись от C, они могут создать криптографический хэш файла и сравнить его, но это не требует цифровой подписи со стороны C.
Если вы хотите, чтобы C подписал файл, либо отправьте подпись и файл отдельно, либо оберните их обоих в какой-либо контейнер, например, в zip-файл или в собственное решение (например, первая строка в файле представляет подпись, остальное - полезная нагрузка).
Чтобы ответить на ваш вопрос буквально, подпись не должна находиться вне файла как таковой, но подписываемая часть не может включать саму подпись.