Во время перехода CSS, если вы переходите в полноэкранный режим (используя полноэкранный API javascript), Chrome останавливает переход, и событие «transitionend» никогда не выполняется.
Вот ваш пример: http://static.hashslider.com/chrome-bug/index.html
Чтобы воспроизвести проблему, нажмите кнопку «Пуск», а затем, после начала перехода, нажмите кнопку «Полный экран».Вы увидите, что переход останавливается и элемент находится в конечной позиции.