В зависимости от ваших требований, вы можете использовать что-то вроде этого:
@(For /F "EOL=|Delims=" %%A In ('Dir /B/AD') Do @Echo %%A)>"Index.txt"
Или, возможно, вы бы предпочли выровнять его по правому краю:
@Echo Off
Set "pad= "
( For /F "EOL=|Delims=" %%A In ('Dir /B/AD') Do ( Set "line=%pad%%%A"
Call Echo=%%line:~-24%%))>"Index.txt"
Последний примерможет потребоваться корректировка в соответствии с количеством символов в именах каталогов.