Используйте tolist
для массива в качестве значения в словаре.
pd.DataFrame({0: np.array([[1,2,3],[4,5,6],[7,8,9]]).tolist()})
0
0 [1, 2, 3]
1 [4, 5, 6]
2 [7, 8, 9]
Или без словаря
pd.DataFrame(np.array([[1,2,3],[4,5,6],[7,8,9]])[:, None].tolist())
0
0 [1, 2, 3]
1 [4, 5, 6]
2 [7, 8, 9]