Проблемы при запуске RAxML из RStudio.Невозможно изменить рабочий каталог - PullRequest
Новая
       10

Проблемы при запуске RAxML из RStudio.Невозможно изменить рабочий каталог

0 голосов
/ 31 января 2019

Я пытаюсь запустить исполняемый файл RAxML из сеанса RStudio.Пакет ips предоставляет функцию raxml () , которая должна это делать.Внутри функции вам нужно указать ваш входной файл, путь к исполняемому файлу и кучу других параметров, если параметры по умолчанию недостаточно хороши.

Исполняемый файл на моей машине находится в /Applications/RAxML-8.0.3/raxmlHPC-PTHREADS-AVX, и поэтому мой код: 

> exec <- "/Applications/RAxML-8.0.3/raxmlHPC-PTHREADS-AVX"
> MLtree <- raxml(inputFile, exec)

, но когда я пытаюсь это сделать, я получаюследующая ошибка: 

Error in setwd(path) : cannot change working directory

Еще немного информации:

1) мой исполняемый файл RAxML прекрасно работает, когда я использую его вне RStudio;

2) каталог«/Applications/RAxML-8.0.3/» существует 

dir.exists("/Applications/RAxML-8.0.3/")
[1] TRUE

3) Я нахожусь на своей собственной машине, и у меня есть все права на чтение / запись в различных каталогах

4) Ниже приведены некоторые подробности моей информации о сеансе: 

>sessionInfo()
R version 3.5.0 (2018-04-23)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS  10.14.2

Matrix products: default
BLAS: /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/libBLAS.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/lib/libRlapack.dylib

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] grid      stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] phyloch_1.5-3    phangorn_2.4.0   seqinr_3.4-5     phytools_0.6-60  maps_3.3.0      
[6] bindrcpp_0.2.2   ggtree_1.14.4    treeio_1.6.1     ips_0.0-7        XML_3.98-1.16   
[11] colorspace_1.3-2 rgl_0.99.16      reshape2_1.4.3   pegas_0.10       adegenet_2.1.1  
[16] ade4_1.7-11      ape_5.1          ggforce_0.1.2    scatterpie_0.1.0 ggrepel_0.8.0   
[21] gdata_2.18.0     rgeos_0.3-26     rgdal_1.3-4      leaflet_2.0.2    ggmap_2.7.904   
[26] ggplot2_3.1.0    dplyr_0.7.8      plyr_1.8.4       raster_2.6-7     maptools_0.9-3  
[31] sp_1.3-1

5) Моя версия RStudio - 1.1.463.

Я побывал в разных блогах и группах (также опубликовал вопрос нагруппа Google RAxML, но пока не очень удача).Главное, что я не понимаю, если это проблема, связанная с самой функцией raxml () , которая может каким-то образом ошибаться (что странно, потому что у меня есть другие коллеги, использующие машины Unix, которые могут ее запускать)) или это проблема моей установки RAxML (что тоже странно, потому что она работает, когда я не использую ее в RStudio).

Любая помощь / предложение очень ценится.

...