Попробуйте что-то вроде этого.
public class MyObject : MonoBehaviour
{
/* Add parameters here */
public void Initialize (/* Add parameters here */)
{
/* Add parameters here */
}
}
А потом на вашем EnemyController
MyObject newMyObject = (MyObject) Instantiate (newMyObjectPrefab);
newMyObject.Initialize (/* Add parameters here */);
Что-то подобное решит вашу проблему.