Какая кодировка файла?(utf8 / cp866 и т. д.) И проверьте символ разрыва строки файла.На вашем месте я бы попытался импортировать данные из консоли.
Примерно так:
LOAD DATA LOCAL INFILE
'c:/temp/some-file.csv'
INTO TABLE your_awesome_table
FIELDS TERMINATED BY ','
ENCLOSED BY '"'
LINES TERMINATED BY '\n'
IGNORE 1 ROWS
(field_1,field_2 , field_3);