Как проверить, находится ли дата в списке интервалов в R? - PullRequest
Новая
       9

Как проверить, находится ли дата в списке интервалов в R?

0 голосов
/ 24 ноября 2018

У меня есть два фрейма данных (таблицы) с двумя переменными в каждом:

  • df.POS: ID (переменная ID);ДАТА (Дата положительного лабораторного теста)
  • df.NEG: ID (переменная ID);data (Дата отрицательных лабораторных тестов (более 1 теста).

Обратите внимание, что data - это переменная списка, созданная с помощью функции nest () пакета tidyr. 

library(tidyverse)
library(lubridate)

# negative tests
dates.neg <- ymd(c('2018-02-01', '2018-02-06', '2018-02-10', 
             '2018-02-21', '2018-04-05'))
df.NEG <- tibble(ID = paste0('ID_', rep(1, 5)),
          DATE = dates.neg) %>%
       group_by(ID) %>% 
          nest()
df.NEG

## # A tibble: 1 x 2
##   ID    data            
##   <chr> <list>          
## 1 ID_1  <tibble [5 × 1]>


dates.pos <- ymd(c('2018-02-07', '2018-02-12', '2018-02-13', 
             '2018-02-20', '2018-02-21', '2018-03-18'))

df.POS <- tibble(ID = paste0('ID_', rep(1, 6)),
           DATE = dates.pos)
df.POS

## # A tibble: 6 x 2
##   ID    DATE      
##   <chr> <date>    
## 1 ID_1  2018-02-07
## 2 ID_1  2018-02-12
## 3 ID_1  2018-02-13
## 4 ID_1  2018-02-20
## 5 ID_1  2018-02-21
## 6 ID_1  2018-03-18

Я бы хотел выяснить, для какого из положительных тестов также был отрицательный тест через 2 дня после положительного результата теста. Я пытался использовать функцию map2 () пакета purrr 

df.TOTAL <- df.POS %>%
  left_join(df.NEG, by = 'ID') %>%
    mutate(TIME = interval(DATE, DATE + days(2)),
           RESULT = map2(data, "DATE", TIME, ~ .x %within% .y))

К сожалению, мой код не работает. Переменная RESULT должна быть логической и возвращать TRUE в случае отрицательного результата теста до 2 дней после положительного теста. Вместо этого это список и возвращает NULL. 

df.TOTAL

## # A tibble: 6 x 5
##   ID    DATE       data             TIME                           RESULT
##   <chr> <date>     <list>           <S4: Interval>                 <list>
## 1 ID_1  2018-02-07 <tibble [5 × 1]> 2018-02-07 UTC--2018-02-09 UTC <NULL>
## 2 ID_1  2018-02-12 <tibble [5 × 1]> 2018-02-12 UTC--2018-02-14 UTC <NULL>
## 3 ID_1  2018-02-13 <tibble [5 × 1]> 2018-02-13 UTC--2018-02-15 UTC <NULL>
## 4 ID_1  2018-02-20 <tibble [5 × 1]> 2018-02-20 UTC--2018-02-22 UTC <NULL>
## 5 ID_1  2018-02-21 <tibble [5 × 1]> 2018-02-21 UTC--2018-02-23 UTC <NULL>
## 6 ID_1  2018-03-18 <tibble [5 × 1]> 2018-03-18 UTC--2018-03-20 UTC <NULL>

Кто-нибудь может помочь?

Буду признателен за помощь. Большое спасибо заранее!

1 Ответ

0 голосов
/ 24 ноября 2018

Во-первых, обратите внимание, что вы можете проверить, попадает ли какой-либо элемент из вектора «отрицательных» дат в «положительный» интервал, например: 

any(dates.neg %within% interval(dates.pos[1], dates.pos[1] + days(2)))
# [1] FALSE

Это предполагает следующий подход с использованием map2 -- или, что более полезно, map2_lgl: 

df.TOTAL <- df.POS %>%
  left_join(df.NEG, by = 'ID') %>%
    mutate(TIME = interval(DATE, DATE + days(2)),
           RESULT = map2_lgl(data, TIME, ~any(.x$DATE %within% .y)))
# # A tibble: 6 x 5
#   ID    DATE       data             TIME                           RESULT
#   <chr> <date>     <list>           <S4: Interval>                 <lgl> 
# 1 ID_1  2018-02-07 <tibble [5 x 1]> 2018-02-07 UTC--2018-02-09 UTC FALSE 
# 2 ID_1  2018-02-12 <tibble [5 x 1]> 2018-02-12 UTC--2018-02-14 UTC FALSE 
# 3 ID_1  2018-02-13 <tibble [5 x 1]> 2018-02-13 UTC--2018-02-15 UTC FALSE 
# 4 ID_1  2018-02-20 <tibble [5 x 1]> 2018-02-20 UTC--2018-02-22 UTC TRUE  
# 5 ID_1  2018-02-21 <tibble [5 x 1]> 2018-02-21 UTC--2018-02-23 UTC TRUE  
# 6 ID_1  2018-03-18 <tibble [5 x 1]> 2018-03-18 UTC--2018-03-20 UTC FALSE

Спасибо @ubutun за улучшение ответа.

...