Подход без регулярных выражений с использованием basename
basename(mapply(sub, pattern = basename(url), replacement = "", x = url, fixed = TRUE))
#[1] "ani" "bmc"
basename(url)
"удаляет весь путь до и включая последний разделитель пути (если есть)" и возвращает
[1] "digitalcod-org" "ambulancecod.org"
используйте mapply
, чтобы заменить этот результат для каждого элемента в url
на ""
и снова вызвать basename
.