Если ваш набор данных называется arr
, используйте маску, подобную этой:
arr[arr==99] = np.nan
Например:
>>> arr = np.array([9.90000000e+01,9.90000000e+02,9.90000000e+01])
>>> arr
array([ 99., 990., 99.])
>>> arr[arr==99] = np.nan
>>> arr
array([ nan, 990., nan])