Два инструмента - это, по сути, два разных подхода к одной и той же цели.
Менеджер сценариев Toolkit стремится объединить все доступные файлы JS на всем сайте. Преимущество здесь в том, что его легко настроить - вы заменяете ScriptManager и отпускаете его. Недостатком является то, что если на каждой странице не используется один и тот же набор сценариев, вы заставите своих пользователей загружать чрезмерное количество кода сценария. Если ваша домашняя страница использует скрипты A, B, C, D, а внутренняя страница использует A, B, C, D, E, то, когда ваш пользователь перейдет на внутреннюю страницу, ему придется повторно загрузить содержимое A, B, C , D, потому что он будет частью другого комбинированного ресурса сценария.
Компонент CompositeScript должен быть очень разборчив в том, какие скрипты он включает. Разработчик должен проанализировать, какие сценарии используются на каждой странице, и добавить их в комбинированный сценарий. В предыдущем примере вы могли выбрать (желательно на главной странице) комбинирование A, B, C, D, но не E. Тогда ваш пользователь попадет на домашнюю страницу и загрузит A, B, C, D в один выстрел. Затем они переходят на внутреннюю страницу, уже имеют A-D в кеше браузера и должны только загрузить E.
Так что, как и во многих других вещах, это зависит от вашей архитектуры и от того, сколько усилий вы можете себе позволить. Оба они выглядят как экстремальные подходы, один со стороны include по умолчанию, второй по умолчанию исключить, и, похоже, никакого среднего пути нет. (Как бы я хотел, чтобы был один.)
РЕДАКТИРОВАТЬ: Что было нежелательно в этом ответе, который потребовал понизить голос? Пожалуйста, объясните себя с комментарием.