Читайте симуляторы для Ion Torrent Whole Exome Sequencing

Question

У меня есть выровненный файл BAM, который я хочу смоделировать для генерации операций чтения.Платформа, которую я использовал, - Ion AmpliSeq Whole Exome Sequencing.Я хочу знать, есть ли симуляторы чтения для платформы Ion Torrent.

Answer 1

Посмотрите на эту публикацию: Сравнение алгоритмов картирования, используемых в высокопроизводительных секвенированиях: применение к данным Ion Torrent, Caboche et al.BMC Genomics, 2014, 15: 264.

Их инструмент - CuReSim, еще никогда не использовал его, но я попробую.Может быть, это может помочь вам ...