Попробуйте Perl .. обратите внимание, что это сохраняет пробелы в вашем вводе
perl -0777 -ne ' while( /(.+?)\n(.+?)\n/gms ) { $a=$1;$b=$2; (split(/\s+/,$a))[3] gt (split(/\s+/,$b))[3] ? print "$b\n$a\n" : print "$a\n$b\n" }'
со входами
$ cat angel.txt
A 35 74 dsadasd/1 0 +
A 95 74 dsadasd/2 0 -
B 75 159 dsadasd/2 0 +
B 78 852 dsadasd/1 0 -
C 12 789 dsadasd/1 0 +
C 91 546 dsadasd/2 0 -
A 87 52 dsadasd/2 0 +
A 52 15 dsadasd/1 0 -
$ perl -0777 -ne ' while( /(.+?)\n(.+?)\n/gms ) { $a=$1;$b=$2; (split(/\s+/,$a))[3] gt (split(/\s+/,$b))[3] ? print "$b\n$a\n" : print "$a\n$b\n" }' angel.txt
A 35 74 dsadasd/1 0 +
A 95 74 dsadasd/2 0 -
B 78 852 dsadasd/1 0 -
B 75 159 dsadasd/2 0 +
C 12 789 dsadasd/1 0 +
C 91 546 dsadasd/2 0 -
A 52 15 dsadasd/1 0 -
A 87 52 dsadasd/2 0 +
$