R - post hoc chi squared - пакет "fifer" больше не поддерживается? - PullRequest
Новая
       15

R - post hoc chi squared - пакет "fifer" больше не поддерживается?

0 голосов
/ 23 сентября 2018

Я пытаюсь использовать пакет fifer с командой install.packages("fifer") с R 3.5.0.Тем не менее, R говорит мне, что это не доступно.Эта веб-страница сообщает мне, что она была удалена из CRAN.В качестве альтернативы, есть ли другая функция / пакет в R, которая позволяет делать квадратные значения?

Ответы [ 2 ]

0 голосов
/ 02 февраля 2019

Пакет fifer больше не поддерживается, вот решение с RVAideMemoire (более подробно описано здесь https://rdrr.io/cran/RVAideMemoire/src/R/chisq.multcomp.R), с использованием примера из Post-Hoc тестов для chi-sq в R: 

install.packages("RVAideMemoire")
library(RVAideMemoire)
theft_loc<-as.table(c(13704L, 14059L, 14263L, 14450L, 14057L, 15503L, 14230L, 
           16758L, 15289L, 15499L, 16066L, 15905L, 18531L, 19217L, 12410L, 
           13398L, 13308L, 13455L, 13083L, 14111L, 13068L, 19569L, 18771L, 
           19626L, 20290L, 19816L, 20923L, 20466L, 20517L, 19377L, 20035L, 
           20504L, 20393L, 22409L, 22289L, 7997L, 8106L, 7971L, 8437L, 8246L, 
           9090L, 8363L, 7934L, 7874L, 7909L, 8150L, 8191L, 8746L, 8277L, 
           27194L, 25220L, 26034L, 27080L, 27334L, 30819L, 30633L, 10452L, 
           10848L, 11301L, 11494L, 11265L, 11985L, 11038L, 12104L, 13368L, 
           14594L, 14702L, 13891L, 12891L, 12939L), .Dim = c(7L, 10L), .Dimnames = structure(list(
             c("Sunday", "Monday", "Tuesday", "Wednesday", "Thursday", 
               "Friday", "Saturday"), c("BAYVIEW", "CENTRAL", "INGLESIDE", 
                                        "MISSION", "NORTHERN", "PARK", "RICHMOND", "SOUTHERN", "TARAVAL", 
                                        "TENDERLOIN")), .Names = c("", "")), class = "table")
chisq.multcomp(theft_loc, p.method = "none")
>      7874    7909    7934    7971    7997    8106    8150    8191    8246    8277    8363    8437    8746    9090    10452   10848   11038   11265   11301  
7909  0.78056 -       -       -       -       -       -       -       -       -       -       -       -       -       -       -       -       -       -      
7934  0.63321 0.84256 -       -       -       -       -       -       -       -       -       -       -       -       -       -       -       -       -      
7971  0.44095 0.62272 0.76923 -       -       -       -       -       -       -       -       -       -       -       -       -       -       -       -      
7997  0.32889 0.48533 0.61768 0.83698 -       -       -       -       -       -       -       -       -       -       -       -       -       -       -      
8106  0.06647 0.11954 0.17444 0.28701 0.39036 -       -       -       -       -       -       -       -       -       -       -       -       -       -      
8150  0.02923 0.05720 0.08854 0.15860 0.22857 0.73002 -       -       -       -       -       -       -       -       -       -       -       -       -      
8191  0.01238 0.02625 0.04298 0.08354 0.12732 0.50552 0.74841 -       -       -       -       -       -       -       -       -       -       -       -      
8246  0.00339 0.00802 0.01417 0.03081 0.05073 0.27360 0.45342 0.66793 -       -       -       -       -       -       -       -       -       -       -      
8277  0.00152 0.00382 0.00706 0.01637 0.02817 0.18156 0.32174 0.50276 0.80943 -       -       -       -       -       -       -       -       -       -      
8363  0.00012 0.00037 0.00078 0.00216 0.00422 0.04522 0.09741 0.18128 0.36396 0.50497 -       -       -       -       -       -       -       -       -      
8437  1.0e-05 3.6e-05 8.5e-05 0.00027 0.00060 0.01007 0.02585 0.05643 0.13921 0.21586 0.56805 -       -       -       -       -       -       -       -      
8746  1.3e-11 8.8e-11 3.2e-10 2.0e-09 7.1e-09 8.2e-07 4.5e-06 2.0e-05 0.00013 0.00032 0.00341 0.01841 -       -       -       -       -       -       -      
9090  < 2e-16 < 2e-16 < 2e-16 < 2e-16 < 2e-16 6.2e-14 8.1e-13 8.0e-12 1.5e-10 6.9e-10 3.7e-08 8.1e-07 0.01000 -       -       -       -       -       -      
10452 < 2e-16 < 2e-16 < 2e-16 < 2e-16 < 2e-16 < 2e-16 < 2e-16 < 2e-16 < 2e-16 < 2e-16 < 2e-16 < 2e-16 < 2e-16 < 2e-16 -       -       -       -       -

К сожалению, названия категорий теряются и заменяются счетчиками каждой категории. Мне не нравятся исправления для множественных сравнений (обсуждение см. В [Moran 2003] [1]), но имеется fdr. 

> install.packages("fifer")
Installing package into ‘C:/Users/admin/Documents/R/win-library/3.5’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages :
  package ‘fifer’ is not available (for R version 3.5.0)

[1]: Моран, доктор медицинских наук (2003). Аргументы за отклонение последовательного Бонферрони в экологических исследованиях. Ойкос, 100 (2), 403-405.

0 голосов
/ 18 октября 2018

В качестве альтернативы, вы можете установить пакет с помощью devtools 

install.packages("devtools")
library(devtools)
install_github("dustinfife/fifer")

В зависимости от активности на Github похоже, что он все еще поддерживается / разрабатывается.

Однако мне не удается установить его таким образом или использовать архив в R 3.5.1 (но, похоже, он работает для R 3.5.0 и старше).Удачи.

...