Я смог обойти эту проблему, запустив:
sudo killall docker-containerd-shim
И затем docker-compose down
начал работать на меня.
Я нашел решение в этом отчете об ошибке, и кажется, что он включает в себя обратный порт исправления к коду runc.
EDIT
Кажется, что основной причиной этих проблем в моей системе был моментальный снимок Dockerна моей установке Ubuntu 18.04.Я полностью удалил снимок и переустановил Docker, используя https://get.docker.io,, и больше не сталкиваюсь с этими проблемами.Тем временем остальная часть моего ответа выше работала для меня как обходной путь.