Они на самом деле являются просто папками, так что вам решать, как организовать собственный код, если вы указали правильный путь к исходному коду и включили файлы в систему сборки (т. Е. Ваш CMakeLists.txt или Android.mk file).При этом Android Studio 3.1, похоже, по умолчанию помещает весь нативный код в папку cpp/
, поэтому было бы логично использовать папку jni/
только для заголовков jni или не использовать ее вообще.