1) загрузите и распакуйте файл .exe в папку: http://sourceforge.net/projects/pdftohtml/
2) создайте файл .php и поместите этот код (при условии, что файл pdftohtml.exe находится внутриэта папка и исходный файл sample.pdf тоже):
<?php
$source_pdf="sample.pdf";
$output_folder="MyFolder";
if (!file_exists($output_folder)) { mkdir($output_folder, 0777, true);}
$a= passthru("pdftohtml $source_pdf $output_folder/new_file_name",$b);
var_dump($a);
?>
3) введите MyFolder , и вы увидите преобразованные файлы (зависит от количества страниц ..)
ps Я не знаю, но существует также много коммерческих или пробных приложений.
Решение предоставлено @ T.Todua от здесь