Фильтрация матрицы по тому же значению в R - PullRequest
Новая
       42

Фильтрация матрицы по тому же значению в R

0 голосов
/ 23 мая 2018

у меня матрица 1014 * 100.Мне нужны только строки с p.value <0,05, поэтому я попытался отфильтровать свою матрицу по-разному. </p> 

        TCGA.A7.A0CE.01A.11R.A00Z.07  TCGA.A7.A0CE.11A.21R.A089.07
hsa04014                 0.0010059007                 0.0009569162
hsa04010                 0.0007198587                 0.0006481671
hsa04015                 0.0008544083                 0.0006697753

Первый способ: 

threshold<-0.05
matrix2<-my_matrix[apply(my_matrix,1,min)<threshold,]

На выходе получается матрица 463* 100, но в некоторых строках p.value> 0,05.

Второй способ: 

matrix2 <-NULL

for(i in 1:1014){
  n<- my_matrix[[i]]
  for(i in 1:100){
    if(n[[i]] < 0.05){
       n[[i]]<-i
  }
  else{
    n[[i]] <- NA
    } }
  matrix2<- rbind(matrix2, n)
}

Что-то не так, я думаю в if.Есть кто-нибудь, кто может мне помочь?Заранее спасибо.

1 Ответ

0 голосов
/ 23 мая 2018

Ваше решение работало нормально для меня, но, возможно, я неправильно создал data.frame.Вы можете сделать это за 1 шаг, с помощью вашего метода, или за 2 шага, где вы создаете столбец, в котором хранится минимальное значение, и затем фильтруете по этому столбцу. 

my_matrix <- data.frame(
  TCGA.A7.A0CE.01A.11R.A00Z.07 = c(0.051, 0.09, 0.04),
  TCGA.A7.A0CE.11A.21R.A089.07 = c(0.06, 0.01 , 0.067)
)
row.names(my_matrix) <- c("hsa04014","hsa04010","hsa04015")

threshold<-0.05

## In 1 step (your solution):
my_matrix[(apply(my_matrix,1,min)) < threshold,]

## In 2 steps:
my_matrix$min <- as.numeric(apply(my_matrix,1,min))
my_matrix[my_matrix$min < threshold,]
...