Остаточная ковариация и стандартная ошибка lme4 level-2 - PullRequest
Новая
       12

Остаточная ковариация и стандартная ошибка lme4 level-2

0 голосов
/ 23 сентября 2018

Я пытаюсь воспроизвести примеры в многоуровневом анализе от Snijders & Bosker, но не могу найти, как рассчитать SE для ковариации остатка уровня 2.

Page 86

Я нашел 2 связанных вопроса по SO:

Извлечение ковариации остатков уровня 2 из вывода lme4

Стандартная ошибкакомпонента дисперсии из вывода lmer

Я использовал данные и сценарий, предоставленные Snijders:

https://www.stats.ox.ac.uk/~snijders/mlbook2_r_dat.zip

https://www.stats.ox.ac.uk/~snijders/ch45.r

# Read data
mlbook_red <- read.table("mlbook2_r.dat", header=TRUE)
library(lme4)
# Example 5.4
mlb54 <- lmer(langPOST ~ IQ_verb*ses + sch_iqv*sch_ses
                        + (IQ_verb|schoolnr), data = mlbook_red,
                        REML = FALSE)

dd.ML <- lme4:::devfun2(mlb54,useSc=TRUE,signames=FALSE)
vv <- as.data.frame(VarCorr(mlb54)) ## need ML estimates!
pars <- vv[,"sdcor"]
library("numDeriv")
hh1 <- hessian(dd.ML,pars)
vv2 <- 2*solve(hh1)  ## 2* converts from log-likelihood to deviance scale
sqrt(diag(vv2))  ## get standard errors

Числа, которые я получил: 

[1] 0.1898 0.1539 0.1014 0.0744

Я не думаю, что эти цифры где-то рядом 1.050 0.069 0.204 0.907.Коэффициенты верны в as.data.frame(VarCorr(mlb54))$vcov: [1] 8.369 0.164 -0.929 37.378.

Может кто-нибудь помочь объяснить, что пошло не так?Большое спасибо!

...